Pada dasarnya keberadaan MAM 02 sama sekali tidak bisa lepas dari keberadaan Perguruan Pondok Modern Muhammadiyah sebagai payung yang melindunginya. Dengan kata lain, bahwa yang membidani embrio kelahiran MAM 02 ini adalah Perguruan (yayasan) tersebut, yang diawali dari sebuah perjuangan yang amat panjang, dimana sebelum munculnya MAM 02 ini, yayasan telah banyak menggagas berdirinya beberapa lembaga pendidikan di bawah tingkat Aliyah.
Pada tahun 1946, berdirilah Madrasah Islamiyah Paciran yang dipelopori oleh KH. M. Ridhwan Syarqowi. Berdirinya madrasah dimaksud adalah sekaligus cikal bakal berdirinya Pondok Paciran, dan dalam perkembangan selanjutnya mempunyai andil yang signifikan terhadap berdirinya beberapa lembaga pendidikan yang berada dalam naungannya, tak terkecuali Madrasah Aliyah ini.
Hanya saja, berdirinya Madrasah Aliyah Muhammaiyah 02 secara formal institusional baru dimulai pada tahun 1983.
Tahun- tahun sebelum itu, terhitung dari awal berdirinya Madrsah Islamiyah sampai akhir tahun 70-an, untuk menggambarkan model pendidikan tingkat menengah pertama dan menengah atas,dipakai sistem PGA ( pendidikan guru agama) tiga tahun untuk Tsanawiyah dan tiga tahun lagi untuk meneruskan ke jenjang Aliyah.
Dan seiring munculnya kebijakan pemerintah tahun 1979, tentang pelarangan mengelola PGA bagi lembaga-lembaga swasta, maka dirubahlah model pendidikan PGA untuk tiga tahun pertama menjadi Madrasah Tsanawiyah dan yang untuk tiga tahun berikutnya menjadi Madrasah Aliyah.
Dan setelah melalui beberapa persiapan matang, maka secara terprogram, pada tahun 1983 bersamaan dengan berdirinya Pondok Modern Muhammadiyah Paciran, maka lahir pula Madrasah Aliyah Muhammadiyah (MAM) 02 Pondok Modern Muhammadiyah Paciran Lamongan Jawa Timur.
